Software

RAxML 使用简介

2020-01-04

在应用中，有时需要使用最大似然法（Maximum Likelihood）构建系统树，这样可获得树节点的 bootstrap 值。由 Alexandros Stamatakis (Exelixis Lab) 开发的 RAxML 即是一款能使用多线程或并行化使用最大似然法构建进化树的软件。 […] 在 RAxML github 中下载软件的最新源代码。…

Software

好好先生 —— MrBayes 操作说明

2019-10-19

由 Fredrik Ronquist, John Huelsenbeck & Maxim Teslenko 开发的 MrBayes 是一款相当稳定好用的系统树重建软件。其基于贝叶斯推断和模型选择对系统树进行重建，命令行简单易学，教程详细，帮助文件调用方便，关键是建树结果比较稳定。在Windows、Linux和Mac系统都可运行，具体安装方法参见 INSTALL。 […] 输入…

Biology

又熟悉又陌生——蚰蜒

2019-09-27

本文译自Acosta 2003 ^[Acosta CA. The house centipete (Scntigera coleoptrata; Chilopoda): controversy and contradiction. Journal of the Kentucky Academy of Science. 2003, 64(1): 1-5.] 蚰蜒这种动物有很长的历史。自从这一物种…

Biogeography

中国与日本的生物地理学——以动物区系为例

Bin Ye / 2019-09-16

日本岛屿起源于东亚大陆边缘的增生棱柱（accretionary prism），在中中新世（mid-Miocene）形成破碎的岛屿，一部分与西伯利亚远东相关的岛屿即日本东北部，与另一部分与中国相联系的岛屿即日本西南部，以所谓的“双开门”过程（Otofuji et al. 1985），自中新世以来，约2100-1100万年前这一期间，日本东北部已绕垂直轴逆时针旋转47°，日本西南部也逆时针旋转…

R

Map - based on Chapter 8 of Geocomputation with R

Bin Ye / 2019-07-03

Geocomputation with R: Chapter 8 - Making map with R teaches how to make maps with various packages with R. Most of the methods are easy to learn if you read this chapter carefully and try to use…

R

Summary-Geocomputation with R

2019-07-03

Geocomputation with R 的前七章是关于R运算地理数据的最基本概念、方法和示例。这里将这些基本章节中使用到的程辑包以及函数总结如下。 […] sf […] raster […] spData […] spDataLarge […] names() , summary() , class() […]…