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2023-02-12
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Biogeography
Extend Bayesian Skyline Plot (EBSP)
2020-03-31
EBSP^[Heled J, Drummond AJ (2008) Bayesian inference of population size history from multiple loci. BMC Evolutionary Biology, 8, 289.] 是一种常用的种群历史动态推算方法，常用于处理 RAD-seq 所得的次世代测序 SNP 数据。RAD-seq 可得到大量的基因位…
Machine Learning
增长回归树模型（Boosted Regression Trees）
2020-02-15
增长回归树模型（Boosted Regression Trees, BRT）是由 Elith et al. 2008 提出的，其用于生态学统计模型中的解释和预测，对某些典型特征如非线性的变量和变量之间的相互关系有很好的解释和预测。 BRT 是一种拟合统计模型，与传统的拟合吝啬模型有很大不同，其将回归树（regression tree）和增长（boosting）两种方法结合了起来。回归…
Machine Learning
最大熵值物种分布模型（MaxEnt）
2020-02-13
MaxEnt 软件是基于最大熵值模型的机器学习技术，对物种生态位和物种分布进行建模。该模型可以根据物种取样地或分布地的各种环境变量，构建每个网格下物种的分布概率，并衡量各种环境因素对分布概率的影响。 GBIF 数据库中的物种分布数据往往就能用作模拟数据集，但是只有物种分布数据是不够的，还必须要有待检验的多种环境变量，以衡量物种分布受到哪些环境变量的影响。 环境变量数据的获得，…
R
用 R 下载 GBIF 数据
2020-02-10
R 程辑包 rgbif 可以非常方便地从 GBIF (Global Biodiversity Information Facility) 数据库中以物种、属、科等信息导出想要的数据。参见rgbif tutorial。 library(rgbif) library(dplyr) library(sf) library(spData) library(tmap) library(purrr)…
Phylogeny
系统发育分析中的模型比较 MrBayes
2020-01-10
系统发育分析时，有太多的参数和模型需要选择，实际分析中总是被一系列复杂的参数和模型搞得头晕眼花。到底该怎样判断使用哪些模型、修改哪些参数，貌似是系统发育分析中最棘手的问题了。 MrBayes 里提供了两种可以尝试的方法。这里，以构建系统树时应该使用哪一种树分枝先验模型为例，介绍这些模型比较方法。 构建系统树时可选的分枝模型大致分三种：non-clock, Strict-clock,…
Phylogeny
推断祖先特征 Ancestral States
2020-01-09
系统树上的某一节点，其分支类群的祖先特征的概率大小，可以通过 MrBayes 计算推断出来。 我们以 MrBayes 软件的示例文件 cynmix.nex 为例，该文件中包含形态学数据和基因序列。 推断祖先特征，其实就是对系统树上某一节点的若干分类群，推断某个形态学特征 （如在序列文件中表示为 0, 1, 2 等）是这一节点类群的共同祖先特征的概率。 本例中，其系统树结构如下图所示：…
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