Phylogeny

系统发育分析中的模型比较 MrBayes

2020-01-10

系统发育分析时，有太多的参数和模型需要选择，实际分析中总是被一系列复杂的参数和模型搞得头晕眼花。到底该怎样判断使用哪些模型、修改哪些参数，貌似是系统发育分析中最棘手的问题了。 MrBayes 里提供了两种可以尝试的方法。这里，以构建系统树时应该使用哪一种树分枝先验模型为例，介绍这些模型比较方法。构建系统树时可选的分枝模型大致分三种：non-clock, Strict-clock,…

Phylogeny

推断祖先特征 Ancestral States

2020-01-09

系统树上的某一节点，其分支类群的祖先特征的概率大小，可以通过 MrBayes 计算推断出来。我们以 MrBayes 软件的示例文件 cynmix.nex 为例，该文件中包含形态学数据和基因序列。推断祖先特征，其实就是对系统树上某一节点的若干分类群，推断某个形态学特征（如在序列文件中表示为 0, 1, 2 等）是这一节点类群的共同祖先特征的概率。本例中，其系统树结构如下图所示：…

Software

RAxML 使用简介

2020-01-04

在应用中，有时需要使用最大似然法（Maximum Likelihood）构建系统树，这样可获得树节点的 bootstrap 值。由 Alexandros Stamatakis (Exelixis Lab) 开发的 RAxML 即是一款能使用多线程或并行化使用最大似然法构建进化树的软件。 […] 在 RAxML github 中下载软件的最新源代码。…

Software

好好先生 —— MrBayes 操作说明

2019-10-19

由 Fredrik Ronquist, John Huelsenbeck & Maxim Teslenko 开发的 MrBayes 是一款相当稳定好用的系统树重建软件。其基于贝叶斯推断和模型选择对系统树进行重建，命令行简单易学，教程详细，帮助文件调用方便，关键是建树结果比较稳定。在Windows、Linux和Mac系统都可运行，具体安装方法参见 INSTALL。 […] 输入…