summary
2023-02-12
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Biogeography
Extend Bayesian Skyline Plot (EBSP)
2020-03-31
EBSP^[Heled J, Drummond AJ (2008) Bayesian inference of population size history from multiple loci. BMC Evolutionary Biology, 8, 289.] 是一种常用的种群历史动态推算方法，常用于处理 RAD-seq 所得的次世代测序 SNP 数据。RAD-seq 可得到大量的基因位…
R
用 R 下载 GBIF 数据
2020-02-10
R 程辑包 rgbif 可以非常方便地从 GBIF (Global Biodiversity Information Facility) 数据库中以物种、属、科等信息导出想要的数据。参见rgbif tutorial。 library(rgbif) library(dplyr) library(sf) library(spData) library(tmap) library(purrr)…
Phylogeny
系统发育分析中的模型比较 MrBayes
2020-01-10
系统发育分析时，有太多的参数和模型需要选择，实际分析中总是被一系列复杂的参数和模型搞得头晕眼花。到底该怎样判断使用哪些模型、修改哪些参数，貌似是系统发育分析中最棘手的问题了。 MrBayes 里提供了两种可以尝试的方法。这里，以构建系统树时应该使用哪一种树分枝先验模型为例，介绍这些模型比较方法。 构建系统树时可选的分枝模型大致分三种：non-clock, Strict-clock,…
Phylogeny
推断祖先特征 Ancestral States
2020-01-09
系统树上的某一节点，其分支类群的祖先特征的概率大小，可以通过 MrBayes 计算推断出来。 我们以 MrBayes 软件的示例文件 cynmix.nex 为例，该文件中包含形态学数据和基因序列。 推断祖先特征，其实就是对系统树上某一节点的若干分类群，推断某个形态学特征 （如在序列文件中表示为 0, 1, 2 等）是这一节点类群的共同祖先特征的概率。 本例中，其系统树结构如下图所示：…
Software
RAxML 使用简介
2020-01-04
在应用中，有时需要使用最大似然法（Maximum Likelihood）构建系统树，这样可获得树节点的 bootstrap 值。由 Alexandros Stamatakis (Exelixis Lab) 开发的 RAxML 即是一款能使用多线程或并行化使用最大似然法构建进化树的软件。 […] 在 RAxML github 中下载软件的最新源代码。…
Software
好好先生 —— MrBayes 操作说明
2019-10-19
由 Fredrik Ronquist, John Huelsenbeck & Maxim Teslenko 开发的 MrBayes 是一款相当稳定好用的系统树重建软件。其基于贝叶斯推断和模型选择对系统树进行重建，命令行简单易学，教程详细，帮助文件调用方便，关键是建树结果比较稳定。在Windows、Linux和Mac系统都可运行，具体安装方法参见 INSTALL。 […] 输入…
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