系统树上的某一节点，其分支类群的祖先特征的概率大小，可以通过 MrBayes 计算推断出来。
我们以 MrBayes 软件的示例文件 cynmix.nex 为例，该文件中包含形态学数据和基因序列。
推断祖先特征，其实就是对系统树上某一节点的若干分类群，推断某个形态学特征
（如在序列文件中表示为 0, 1, 2 等）是这一节点类群的共同祖先特征的概率。
本例中，其系统树结构如下图所示：
我们即可针对 1-29 的类群所在的节点，推断这些类群的共同祖先特征的概率，本例以第 5 个形态学特征为例，如上图所示， 需要将第 5 个形态学特征分割出来，形成一个单独的分区，因此，必须首先对序列数据重新分区。
MrBayes > execute cynmix.nex
MrBayes > partition ancstates = 6: 5, 1-4 6-166, COI, EF1a, LWRh, 28S
# 源文件的原始分区是 partition ancstates = 5: 1-166, COI, EF1a, LWRh, 28S
# 这里单独挑出第 5 个特征成为单独的一个分区
MrBayes > set partition=ancstates
MrBayes > lset applyto=(2) rates=gamma # 形态学数据使用 gamma 替代率
MrBayes > lset applyto=(3,4,5,6) rates=invgamma nst=6 # 基因数据使用 invgamma 替代率和 GTR 模型
MrBayes > unlink statefreq=(all) revmat=(all) pinvar=(all) shape=(all)
MrBayes > prset ratepr=variable
随后，对 1-29 类群所在的 Cynipidae 科进行树形限制（topological constraint）：
MrBayes > constraint cynipidae=1-29
MrBayes > prset topologypr=constraints(cynipidae)
然后，让 MrBayes 报告目标形态特征（第 5 个）是共同祖先特征的概率：
MrBayes > report applyto=(1) ancstates=yes
运行，使用 sump 命令即可在 shell 窗口中查看输出结果：
MrBayes > mcmc ngen=30000
MrBayes > sump
红色框所示的两个参数即表示：节点 cynipidae 的第 5 个形态特征（5@cynipidae）中，
0 所代表的特征与 1 所代表的特征分别是祖先特征的概率（p(0) p(1)）。结果发现，
0 所代表的特征是祖先特征的概率比 1 代表的特征更大，因此可以说，第 5 个形态特征中的 0 特征可能是祖先特征。
参考：MrBayes Manual v3.2, p74-76